Gan Lin

5 posts
暑期内训

实验室2023年暑期内训第二阶段总结

2023年9月2日，视觉计算实验室举行了第二阶段的2023年度暑期内训。本次内训的目的是在第一阶段的基础上，进一步对实验室的研究方向、项目相关事项、实验室管理制度等进行介绍；最后，19级明章强学长对自己的读研经历进行了分享。下面对本次内训的各项环节进行回顾： Part 1 专业方向介绍 2日上午，实验室的小伙伴对实验室的三项研究方向：可视化、生物信息、计算机视觉分别进行了介绍，具体情况如下： 可视化--王启鹏、朱佳旻 可视化方向由王启鹏与朱佳旻共同介绍。王启鹏首先介绍了可视化的概念，并讲述了可视化的类别以及它的特点。接着，朱佳旻以“怎么做可视化项目” »

第十届国际三维基因组学研讨会-Day4

7月18日为第十届国际三维基因组学研讨会的最后一天，本日会议围绕三维基因组生物学展望这一主题展开，多位国内外知名研究者进行报告。 Specific ecDNA nuclear  interactome mediated by chromatin-associated non-coding RNA 报告人：付向东（西湖大学）  RNA在调节基因表达时具有协调功能DNA元件的作用，而染色质上的RNA还可能帮助我们找到转录活性相关的相互作用，帮助我们区分超级增强子和普通增强子。许多技术可用于在染色质上定位某个RNA，但是这些方法每次只能研究一个已知的RNA，不能研究全基因组范围上全部的RNA-染色质相互作用。付向东研究团队研发了一种无偏差地检测全部染色质-RNA相互作用的技术，通过特殊设计的二价linker连接RNA和DNA，能实现对RNA-DNA相互作用的检测和分析。这项研究中展示的人和果蝇细胞的GRID-seq数据，表明少部分RNA可广泛参与反式染色体相互作用 »

浙江省生物信息学学会“生信数据分析与可视化培训班”实录-Part3

（接上篇） 5. Bulk转录组数据分析：  转录组课程主要围绕以下四个问题展开：下一代测序技术的发展以及在转录组中的应用；RNA-Seq 数据上游分析流程；基于R 的RNA-Seq 数据下游分析流程；多样本的共表达网络和功能模块挖掘。其中，后两个方面更偏向于生物信息专业的学生，对于计算机专业的学生而言，应该重点掌握实验的原理与数据库的构建，前两个问题的具体内容如下： 1） 下一代测序技术的发展以及在转录组中的应用  下一代测序技术（NGS）的流程包括文库准备、簇生成与富集、边合成边测序、同时对数十亿个簇进行多通道处理四个方面。由于NGS具有低成本、高通量、 »

浙江省生物信息学学会“生信数据分析与可视化培训班”实录-Part1

西湖美景三月天，来自全国的生物信息学研究人员在小长假齐聚美丽杭州，于浙江大学紫金港校区生命科学学院生物信息学实验室，开展本年度浙江省生物信息学学会“生信研习班”系列科普培训活动。本次活动主题为“生物信息数据分析与可视化”，主讲人为浙江大学陈铭教授及其博士团队，以及南京大学陈迪俊副教授及其博士团队。 1. 前言——组学研究概述  在研习班开课阶段，陈铭教授介绍了生物信息学在后基因组时代面临的挑战，以及蓬勃发展的测序技术如何应用到科学研究中，同时介绍了在生物数据量持续膨胀的今天，生信分析能为科学研究带来哪些结果等。  陈铭教授在授课过程中，反复将生物信息学比作"大象"，他表示，未来的研究中，哪怕是极小的分支，都要把它当作大象来看，不能片面对待。 »