BIBM DAY-2

BIBM学术会议的第二天充实而精彩。上午,参加了引人入胜的主题演讲(Keynote Talk),领域专家分享了最新的研究成果和前沿技术。下午的分会场报告(Session Talk)则围绕数据挖掘、人工智能等话题展开,与其他学者就各自的研究进行了深入交流,气氛活跃,讨论热烈。晚间,我们齐聚参加了学术晚宴,在轻松愉快的氛围中进一步加深了彼此的了解,并就会议期间的热点话题展开了非正式的讨论,推动了未来合作的可能性。

Keynote Talk:智能空间转录组学:方法与应用

讲者:张世华教授 (中国科学院数学与系统科学研究院)

张世华教授在会议中向与会者详细介绍了空间转录组学的基本概念,并阐述了当前在该领域中面临的主要计算挑战。针对这些问题,张教授展示了他们团队在智能空间转录组学方面的最新科研成果,并介绍了他们自主开发的一系列STA工具。

图1. 张世华教授分享空间转录组学的计算问题

在会议的后续环节,张教授为我们详细介绍了他们团队开发的STA工具系列。
首先,张教授介绍了 STAGATE,一款基于图注意力机制的自动编码器工具。该工具通过整合空间信息与基因表达谱,学习低维潜在嵌入,进而识别组织中的空间域,为空间转录组学研究提供了创新的解决方案。
接下来,张教授讲解了 STAligner,这款工具能够整合并对齐来自不同实验条件、技术平台以及发育阶段的空间转录组数据集,实现空间感知的数据整合,支持空间域的识别,并为下游的比较分析提供了有力支持。
第三,张教授展示了团队设计的 STAMarker,这款工具通过深度学习中的显著性图方法,能够识别空间域中特异性的变异基因,帮助科研人员揭示基因在空间中的分布规律及其功能。
随后,张教授介绍了 STAGE,一种空间位置监督的自动编码器生成器。该工具能够生成高密度的空间转录组数据,为精确的空间转录组学分析提供了丰富的数据支持。
第五,张教授展示了 STASCAN,该工具专门用于解码空间转录组学中的高分辨率细胞分布图,揭示细胞在空间中的精细排列和组织。
最后,张教授介绍了 STALocater,该工具可用于重建细胞群体之间的相对空间关系,为深入理解细胞间相互作用和空间组织结构提供了新的视角。

张教授及其团队的这些创新工具在空间转录组学领域具有重要的应用价值,预计将在基础研究和临床研究中发挥越来越重要的作用。

图2. 张世华教授分享STA系列工具

在会议的最后环节,张世华教授对报告中提到的几种关键方法进行了深入总结。他回顾了团队在空间转录组学领域取得的主要进展,重点强调了所开发的工具如何有效推动了空间转录组数据分析的精度与效率。张教授特别提到,像 STAGATESTAlignerSTAMarker 等工具,已经在不同的生物学研究场景中展现出了强大的应用潜力,能够帮助科研人员更好地理解细胞在空间中的分布和功能。

同时,张教授也展望了未来的研究,介绍了未来研究工作的思路,重点聚焦于空间时序分析和全脑对齐的研究方向。

图3. 张世华教授总结分享以及后续工作展望

Session Talk

与会者围绕“数据挖掘、机器学习与人工智能”这一主题展开了深入讨论。会议中展示了多篇具有创新性的研究论文,涵盖了多个前沿领域,展现了机器学习与人工智能在医学影像分析和疾病诊断中的巨大潜力。

其中,《Radiographic Reports Generation via Retrieval Enhanced Cross-modal Fusion》 论文探讨了通过跨模态融合与检索增强的方法,生成放射影像报告的技术。这项研究创新性地结合了不同模态的数据,利用检索增强机制提高了影像报告的准确性和效率,对于临床医生在影像诊断中的辅助作用具有重要意义。

《Joint Segmentation of Primary Nasopharyngeal Carcinoma Tumors and Lymph Nodes via Global Attention》 论文则关注于鼻咽癌肿瘤和淋巴结的联合分割问题。通过引入全局注意力机制,研究者成功提高了肿瘤与淋巴结的精确分割效果,这对于鼻咽癌的早期诊断和治疗方案的制定具有重要应用价值。

《Multimodal Bayesian Networks for Automatic Skin Disease Diagnosis》,则提出了一种基于多模态贝叶斯网络的皮肤病自动诊断方法。该研究通过融合不同类型的诊断数据,利用贝叶斯网络模型自动进行皮肤病分类,具有较高的诊断准确率,且在实际应用中表现出强大的泛化能力。

这些研究展示了数据挖掘、机器学习和人工智能技术在医学领域中的广泛应用,尤其是在影像处理和疾病诊断中的创新进展。

图4. 部分session现场展示

晚宴

在BIBM学术会议开始的第二天,与会的学者们齐聚一堂,共同参加了晚宴。这场晚宴为大家提供了一个轻松愉快的社交平台,成为与会者放松心情、增进彼此了解的理想场所。

晚宴现场气氛温馨而热烈,大家一边享用美味的餐点,一边轻松交谈,分享彼此的会议收获与个人见解。尽管没有正式的学术报告和讨论,但这次社交活动为与会者提供了一个愉快的交流机会,促进了不同背景和领域的学者之间的互动与联系。

此次晚宴不仅是一次放松和休憩的时光,也为未来的合作和学术交流奠定了基础,进一步加深了各国学者之间的友谊与合作意愿。

图5. BIBM 晚宴