7月18日为第十届国际三维基因组学研讨会的最后一天,本日会议围绕三维基因组生物学展望这一主题展开,多位国内外知名研究者进行报告。
Specific ecDNA nuclear interactome mediated by chromatin-associated non-coding RNA
报告人:付向东(西湖大学)
RNA在调节基因表达时具有协调功能DNA元件的作用,而染色质上的RNA还可能帮助我们找到转录活性相关的相互作用,帮助我们区分超级增强子和普通增强子。许多技术可用于在染色质上定位某个RNA,但是这些方法每次只能研究一个已知的RNA,不能研究全基因组范围上全部的RNA-染色质相互作用。付向东研究团队研发了一种无偏差地检测全部染色质-RNA相互作用的技术,通过特殊设计的二价linker连接RNA和DNA,能实现对RNA-DNA相互作用的检测和分析。这项研究中展示的人和果蝇细胞的GRID-seq数据,表明少部分RNA可广泛参与反式染色体相互作用 。进一步数据表明,lncRNA和新生RNA都参与了染色质上一系列的调控过程,有望帮助我们发现更多RNA介导的调控活动。
Evolutionary innovations of 3D genome architecture in the developing primate brain
报告人:宿兵(中国科学院昆明动物研究所)
阐明人脑进化的调控机制对于理解人类认知和精神疾病至关重要。通过比较人类、猕猴和小鼠大脑的三维基因组,宿兵老师团队发现了许多人类特有的染色质结构变化,包括拓扑结合结构域(TADs)和多个染色质环。值得注意的是,许多人类特异性序列变化位于人类特异性TAD边界和环锚点,这可能在人类中产生新的转录因子结合位点和染色质结构。总的来说,宿兵老师团队提出的数据强调了比较三维基因组分析在剖析大脑发育和进化调控机制方面的价值。
Joint profiling of multiplex chromatin interactions, gene expression, and RNA-chromatin association in single cells from human brain
报告人:钟声(加州大学圣地亚哥分校)
钟老师介绍了单细胞多核相互作用定位(MUSIC)技术,它实现了在同一细胞核中同时分析多重染色质相互作用、基因表达和RNA -染色质关联。染色质结构在转录过程中起着至关重要的调控作用,染色质复合体可以动态组织以容纳多重染色质相互作用或染色质相关的RNA。团队应用了MUSIC以分析人类额叶皮层中超过9000个单核的基因表达和含或不含RNA的共络合DNA序列。结果表明,高表达基因的基因组序列经常与其侧基因组区域的长片段共络合,形成基因表达相关条纹,揭示了单细胞中转录和染色质结构之间的复杂协调。未来,MUSIC可以帮助在复杂组织的细胞分辨率下研究染色质结构和转录。
三维基因组大会闭幕
所有报告人的分享结束后,举行了国际三维基因组大会闭幕式。主持人阮一骏老师讲述了三维基因组的发展趋势以及美好愿景,感谢优秀创作者对三维基因组学的巨大贡献,并为优秀作者颁奖。最后,阮一骏老师鼓励参会的师生与公司代表为进一步推动三维基因组的发展贡献力量。至此,为期四天的第十届国际三维基因组学研讨会圆满结束。