时间： 2022年3月24日（周四） 09 : 30
地点： 望江校区基础教学楼B座318实验室
研读成员： 张宛靖（线上）、李伊瑶
研读内容：
Part1
分享者：张宛靖
分享内容：
[1]Liu K, Li H, Li Y, et al. A comparison of topologically associating domain callers based on Hi-C data[J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2022.
[2]An L, Yang T, Yang J, et al. OnTAD: hierarchical domain structure reveals the divergence of activity among TADs and boundaries[J]. Genome biology, 2019, 20(1): 1-16.
论文简介:
[1]拓扑相关结构域(TADS)是一类局部染色质相互作用结构域，在基因表达调控中发挥重要作用。不同的TADS识别计算方法在调用TADS时的假设和标准有所不同。因此，这些方法所称的TADS在相似性和生物学特性上有所不同。本文中，我们对26个TAD调用者进行了系统的比较。首先比较了不同方法、分辨率和测序深度的TAD和相邻TAD之间的差距。然后根据三个标准评估了TADS和TAD边界的质量：接触频率在基因组距离上的衰减，TAD边界周围调控元件的丰富和枯竭，以及TADS和TAD边界在复制样本中的重复性。最后，由于缺乏TADS的黄金标准，本文还评估了这些方法在合成数据集上的性能。本文讨论了TAD调用者的关键原理，并指出了TADS检测的现状，还提供了一个简明、全面、系统的框架来评估TAD调用者的表现，希望本文工作将为选择合适的TADS检测和评估方法提供有用的指导。
[2] 细胞核染色质的空间组织被认为与调控基因表达有关。染色质不同片段之间高频相互作用的图谱揭示了拓扑相关结构域(TADS)，大多数调控相互作用都发生在TAD结构域中。TAD不是同质的结构单位，但似乎被组织成一个层次结构。本文提出了一种基于Hi-C数据的优化嵌套TAD调用器OnTAD，用于识别层次化的TAD。OnTAD揭示了不同TAD水平、边界在基因调控中的使用、环挤出模型和间隔域的作用的新的生物学见解。
Part2
分享者：李伊瑶
分享内容：
[1]Narechania A, Karduni A, Wesslen R, et al. VITALITY: Promoting Serendipitous Discovery of Academic Literature with Transformers & Visual Analytics[J]. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, 2021, 28(1): 486-496.
论文简介:
[1]在进行学术文献综述时，有一些常见的做法，包括在在谷歌学术上搜索特定的关键词，或者从一些最初论文中根据引用情况检索。这些方法对学术文献的审查起到了关键作用。然而，当相似的工作使用不同的术语时，在识别相关文献方面仍然存在挑战。本文介绍了一个系统，VITALITY。VITALITY 使用Transformer促进相关文献的偶然性发现，在给定一个输入论文列表或一个工作摘要的情况下，允许用户在给定的词嵌入空间中找到语义相似的论文。VITALITY在一个交互式的二维空间中对结果进行了可视化，VITALITY还总结了关于论文的元信息，包括关键词和共同作者，并且允许用户保存和导出论文以用于文献回顾。本文介绍了对VITALITY的评估的定性结果，表明它可以成为进行学术文献综述的一种有前途的补充技术。
