2020年春季学期视觉计算实验室第十周论文研读预告

时间: 2020年5月7日09: 00
地点: 四川大学视觉计算实验室钉钉群
研读成员: 张铭洋、王思启
Part 1
分享者: 张铭洋
分享内容:
[1]Zheng H , Xie W . The role of 3D genome organization in development and cell differentiation[J]. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2019, 20(9).
[2]Zengyan Hong, Xiangxiang Zeng, Leyi Wei, Xiangrong Liu, Identifying Enhancer-Promoter Interactions with Neural Network Based on Pre-trained DNA Vectors and Attention Mechanism, Bioinformatics, btz694.
论文简介:
[1]在哺乳动物细胞中,基因组并不以线性分子的形式存在,而是分层次的包裹在细胞核内。既然是分层次的包裹在细胞核中,肯定会经过折叠。从而产生高级构象,基因组的三维构象和细胞命运息息相关。这篇综述主要讲述了3D基因组的最新发现,研究染色质构象的一些实验技术(比如3C、4C、Hi-C)以及最新的3D基因组和人类疾病的关系研究进展,综述比较偏向生物学方面的知识,主要是阐述一些有关3D基因组方面的基本知识。
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图1 interphase loop extrusion模型

[2]增强子和启动子的相互作用关键影响了基因的表达调控,和人类疾病的发生密切相关。现有的一些关于增强子和启动子的相互作用识别的计算方法存在一些不足,大多数现有方法虽然可以预测细胞系特异性的增强子和启动子的相互作用,但是构建的模型不能在各种细胞系中通用。为了解决这些问题,作者提出了一个新的深度学习模型,EPIVAN,输入增强子和启动子的基因序列就可以预测增强子和启动子的相互作用。
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图2 EPIVAN模型

Part 2
分享者: 王思启
分享内容:
[3] Guozheng Li, Min Tian, Qinmei Xu, Michael J. McGuffin, and Xiaoru Yuan, “GoTree: A Grammar of Tree Visualizations”. In Proceedings of ACM Conference on Human Factors in Computing Systems (CHI 2020), Honolulu, Hawaii, USA. April 25-30, 2020.
论文简介:
[3]树可视化是可视化领域长期以来的研究热点。近40年来,研究者利用不同的视觉映射方式发展了超过300种树可视化形式。本文介绍了北京大学袁晓如团队针对树可视化快速构建问题提出的树可视化形式的描述性语法GoTree,支持用户对预期的可视化从坐标系,视觉元素,以及布局三个方面进行细粒度地描述,进而求解构建相应的树可视化。基于GoTree描述性语法设计的Tree Illustrator交互构建系统支持用户无需编写代码,即可创建超过100种树可视化形式,复合树可视化形式,甚至探索发现新颖的形式。
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图3 基于Tree Illustrator构建的部分树可视化形式
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